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1) Sommaire

Bienvenue sur ce tutorial consacré à la reconstruction des images IRM. Nous allons utiliser des images provenant de la banque de données Osirix disponibles à cette adresse: lien

La reconstruction SENSE en mode rapide:
La reconstruction SENSE en détail:
Script complet

La reconstruction SENSE en mode rapide

Lecture d’un fichier Dicom avec la fonction dicomread puis conversion en format double. Diminution de la taille de l’image et affichage.

close all;
clear all;

filename='/home/valery/Téléchargements/BRAINIX/BRAINIX/IRM cérébrale, neuro-crâne/sT2-TSE-T - 301/IM-0001-0010.dcm'
im1_tempo=double(dicomread(filename));
img_originale=imresize(im1_tempo,0.5);

ismrm_imshow(img_originale);

image_depart

Chargement des cartes de sensibilités et affichage.

addpath('/home/valery/Reseau/Valery/MatlabUnix/ismrm_sunrise_matlab-master/');
load smaps_phantom.mat

ismrm_imshow(abs(smaps),[min(abs(smaps(:))) max(abs(smaps(:)))],[2 4]);
ismrm_imshow(angle(smaps),[min(angle(smaps(:))) max(angle(smaps(:)))],[2 4]);

%  Echantillonnage avec 8 antennes et carte de sensibilites
[data_1, sp_1] = ismrm_sample_data(img_originale, smaps, 1);
nCoils=size(data_1,3);

I_raw_1=ifft_2D(data_1);

ismrm_imshow(abs(I_raw_1),[0 max(abs(I_raw_1(:)))],[2 4]);
ismrm_save_image( outputFolder, 'raw_image_abs' );

ismrm_imshow(angle(I_raw_1),[-pi pi],[2 4]);
ismrm_save_image( outputFolder, 'raw_image_angle' );

readout=size(img_originale,1);
N=size(img_originale,2);

%  Ici nous avons le kspace

K_raw_for_sense=zeros(size(data_1,1),size(data_1,2),size(data_1,3));
samp_mat=zeros(size(data_1,1),size(data_1,2));

for p=1:2:size(data_1,2)

    K_raw_for_sense(:,p,:)=data_1(:,p,:);
    samp_mat(:,p)=1;
end

I_raw_for_sense=ifft_2D(K_raw_for_sense);

figure()
for c=1:1:nCoils
    subplot(2,4,c);imagesc(abs(I_raw_for_sense(:,:,c))); colormap(gray);
end

acc_factor=2

[unmix_sense, gmap]   = ismrm_calculate_sense_unmixing(acc_factor, smaps);

inp=K_raw_for_sense;
img_alias = sqrt(4) * ismrm_transform_kspace_to_image(K_raw_for_sense,[1,2]);
img_reco_sense = sum(img_alias .* unmix_sense,3);

La reconstruction SENSE en détaillé

Script complet:

Le script complet est disponible ici: lien