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1) Sommaire

 

1.1) Les séquences qui fonctionnent

Le passage en format ISMRMRD permet d’utiliser les algorithmes de reconstruction présent dans le Gadgetron. La conversion s’effectuera correctement si l’une de ces séquences est utilisée:

  • séquence 2D avec échantillonage cartésien
    • complet, 1 slice (128x128)
    • GRAPPA Y, 1 slice (76x128)
    • complet, 3 slices (128x128x3)
    • GRAPPA Y, 3 slices (76x128x3)
    • GRAPPA Y, 1 slice, 2 répetitions
    • GRAPPA Y, 3 slices, 2 répetitions
    • E72 2D complet (matrix size 128*128)
    • E73 2D complet (matrix size 114*114)
    • E74 2D complet (matrix size 99*100)
    • E75 2D partial fourier (matrix size 128*128)
    • E76 2D partial fourier (matrix size 114*114)
    • E77 2D partial fourier (matrix size 99*100)
    • 2D grappa accelaration 2 (matrix size 128*128) E78
    • 2D complet (matrix size 128*128) (5 slices, 4 repetitions, 3 averages ) E80 (interlaced)
    • 2D complet (matrix size 128*128) (5 slices, 4 repetitions, 3 averages ) E82 (sequential)

 

  • séquence 3D avec échantillonage cartésien
    • complet (128x128x128)
    • GRAPPA Y (128x76x128)

 

1.2) Mode d’emploi: Utiliser le convertisseur

Ouvrir le script generic_create_dataset_from_bruker.m situé dans le dossier Partage/ du calculateur. Le lien complet est le suivant /home/Partage/Dev/cute/bruker-to-ismrmrd-matlab/.

matlab generic_create_dataset_from_bruker.m &

Modifier le lien vers le répertoire d’acquisition Bruker et le nom du fichier qui contiendra la fid au format ISMRMRD.

acquisition_path='/home/user/DICOM/protocol_name/4/'
output_filename = '/home/user/DICOM/testdata.h5';

Lancer le script avec le triangle vert. Si tout va bien, des informations concernant l’acquisition apparaîtront:

--------------------------------------------------------------
Bruker:FLASH
--------------------------------------------------------------
Bruker BioSpin MRI GmbH
BioSpec 94/30 AV3HD
9.402146e+00
IHU LIRYC Bordeaux
BioSpec 94/30 AV3HD
--------------------------------------------------------------
number of slices is 5
number of repetitions 4
number of echos 1
--------------------------------------------------------------
Number of encoding spaces : 128
Encoding matrix size : 128 128 1
Encoding field_of_view : 100 100 1
Recon matrix size : 128 128 1
Recon field_of_view : 100 100 1
--------------------------------------------------------------
nombre_de_points_par_antennes 327680
nombre_de_lignes 2560
La taille de la matrice fid correspond à ACQ_size
pas acceleration suivant y  facteur 1
--------------------------------------------------------------
fin de la conversion
--------------------------------------------------------------

 

1.3) Mode d’emploi: Reconstruire avec Gadgetron

Ouvrir deux consoles sur le calculateur et lancer le Gadgetron dans une des consoles, le message suivant s’affiche

valeryo@IHUSUX001:/home/Partage/Dev/BruKitchen$ gadgetron
2017-06-12 14:04:37 INFO [main.cpp:200] Starting ReST interface on port 9080
2017-06-12 14:04:37 INFO [main.cpp:212] Starting cloudBus: localhost:8002
2017-06-12 14:04:37 INFO [main.cpp:260] Configuring services, Running on port 9002

si ce message apparait , le gadgetron est déjà actif, cela peut-être un autre utilisateur.

2017-08-24 16:40:29 INFO [main.cpp:200] Starting ReST interface on port 9080
terminate called after throwing an instance of 'boost::exception_detail::clone_impl<boost::exception_detail::error_info_injector<boost::system::system_error> >'
  what():  bind: Address already in use
Aborted

Dans la seconde console, les lignes de commandes suivantes permettent d’effectuer la reconstruction, il est nécessaire de modifier le fichier de configuration en fonction de la séquence choisie. Quelques exemples sont indiquées ci-dessous.

/usr/local/bin/gadgetron_ismrmrd_client -c default_short_phase.xml -f /home/user/DICOM/testdata.h5 -o fichier_de_sortie.h5

/usr/local/bin/gadgetron_ismrmrd_client -c Generic_Cartesian_Grappa.xml -f /home/user/DICOM/testdata.h5 -o fichier_de_sortie.h5

/usr/local/bin/gadgetron_ismrmrd_client -c Generic_Cartesian_Grappa_Phase_Bruker.xml -f /home/user/DICOM/testdata.h5 -o fichier_de_sortie.h5

/usr/local/bin/gadgetron_ismrmrd_client -c Generic_Cartesian_Grappa_Bruker_3D_NoCompression_export.xml -f /home/user/DICOM/testdata.h5 -o fichier_de_sortie.h5

Attention le coil compression est activé par défaut, il est peut-être judicieux de le désactiver.

Pour Julie: j’ai cree un repertoire sur le serveur dans ton home :

cd /home/juliem/Dev/Bruker_data
puis taper
time ./command_reco
ou ./command_reco

qui execute la commande suivante

gadgetron_ismrmrd_client
 -f /home/juliem/Dicom_Data/testdata.h5 
 -c Generic_Cartesian_Grappa_Bruker_3D_NoCompression_export.xml
 -o out.h5

Il est possible d’ouvrir les fichiers de sortie en format .h5 sous Matlab en utilisant le script lecture_image_3D.m situé dans cute/ il faut aller chercher le fichier à l’endroit ou est lancé le Gadgetron.

 

1.4) Les séquences à gérer

  • 2D complet (matrix size 99*100) (5 slices, 4 repetitions, 3 averages ) E81 le probleme semble le readout , il est impair.
  • mp2rage
  • epi
  • ute
  • radial

 

2.1) Installation : Les prérequis

Le convertisseur bruker-to-ismrmrd-matlab est disponible sur le répertoire FBU.

Si vous avez accès au calculateur de l’IHU, Brukitchen et le convertisseur Bruker-to-ismrmrd-matlab sont déjà installés dans le répertoire Partage/

 

2.2) Installation : BruKitchen

Bruker-to-ismrmrd-matlab utilise BruKitchen, disponible à cette adresse.

Un fork existe aussi ici. Un README est diponible mais l’installation est très rapide.

 

git clone https://github.com/tesch1/BruKitchen.git

Ouvrir matlab et lancer le script BruKitchen/matlab/brukitchen_setup.m

Pour finir il est possible d’ajouter le path au fichier pathdef.m de Matlab, ou d’utiliser à chaque fois la commande addpath() de Matlab

sudo nedit /usr/local/MATLAB/R2015b/toolbox/local/pathdef.m

# et ajouter la ligne suivante après %%% BEGIN ENTRIES %%%

 '/home/Partage/Dev/BruKitchen/matlab:', ...

 

2.3) Installation : le format ISMRMRD

Un tutorial en anglais est disponible ici.

 

2.4) Installation de Bruker-to-ismrmrd-matlab

Télécharger le répertoire suivant:

git clone https://github.com/FBU-IHU-LIRYC/cute

C’est un ensemble de fichier Matlab, il n’y a donc rien à faire.